La piccola chiesa di S. Margherita è stata costruita nella seconda metà del Settecento, ed inaugurata nel 1786 dal Card. Filippo Visconti, Arcivescovo di Milano. La sua costruzione si deve alla demolizione di una chiesa conventuale che sorgeva sul territorio di Somma Lombardo, da cui provengono molti degli arredi sacri.
Gli affreschi delle pareti e della volta sono stati realizzati all’inizio del Novecento dal pittore Luigi Brusatori, artista nativo di S. Antonino Ticino, tra il 1906 e il 1920. Sulla volta, attorno a decori floreali si trovano sei medaglioni in cui sono raffigurati i santi: Andrea e Antonio, Agata e Apollonia, Luigi Gonzaga e Carlo Borromeo. Sulla parete del fonte battesimale è raffigurato il Battesimo di Gesù e attorno alle nicchie dove si trovano le statue del Sacro Cuore, di San Giuseppe e della patrona Santa Margherita di Antiochia sono raffigurati angeli in adorazione e in preghiera. L’affresco più significativo realizzato dal pittore si trova sopra il presbiterio e rappresenta putti in adorazione del Mistero Eucaristico.
Sulla parete sinistra è collocato un bassorilievo raffigurante la Vergine Maria con in braccio Gesù. Si tratta di un bassorilievo proveniente da una cappellina che è stata distrutta dai francesi dopo la battaglia di Tornavento (1636) e ritrovato dagli abitanti del borgo nell’Ottocento, che lo hanno riportato in paese insieme alla lunetta raffigurante S. Giorgio che sconfigge il drago collocata in fondo alla chiesa.
Il quadro sulla parete destra della navata raffigura la patrona S. Margherita di Antiochia ed è databile attorno al XVIII secolo. Nel presbiterio, sulla parete sinistra, il quadro rappresenta l’Assunzione della Vergine Maria e sulla parete destra vi è un quadro raffigurante San Sebastiano.
